民族医药学院的发展沿革可追述到1992年10月成立的化学系。2006年获省教育厅批准，成立药学系，并于2007年正式招收药学专业四年制本科生。2012年经省编办批准成立民族医药学院。2019年7月学校对原化学工程学院（民族医药学院）进行学科调整、分建后，民族医药学院获独立建制。学院现有药学、中药资源与开发、制药工程3个本科专业，目前有在校本科生约600名。学院现有“药学”专业硕士点，并在“化学工程与技术”一级学科硕士点下有“制药工程”二级硕士点一个。