民族医药学院前身是2006年成立的药学系，于2007年开始招收药学专业本科生。2015年成立民族医药学院，与原化学与环境科学学院共建培育，2016年9月更名为化学与生态环境工程学院（民族医药学院），2017年9月分建为化学工程学院（民族医药学院）和生态环境工程学院，2019年7月学校进行学科调整，民族医药学院独立分建。学院现有药学、中药资源与开发、制药工程3个本科专业，目前有在校本科生约600名有“药学”专业硕士点，2023年开始招生。